Catherine Aime étudie et enseigne la mycologie à l’université de Purdue, aux États-Unis. Elle est spécialisée dans l’étude des champignons tropicaux, et notamment la rouille du caféier. La rouille du caféier est l’une des maladies les plus graves pour une ferme caféière, et son impact est immense pour la production et l’économie d’une ferme.
À la fin de l’année 2021, le Département de l’Agriculture des États-Unis a accordé une bourse de 6 millions de dollars a plusieurs organismes de recherches pour soutenir l’étude de la rouille du caféier et son développement inquiétant à Hawaï et Porto Rico.
Une partie de ce programme finance les recherches du Pr. Catherine Aime, qui a bien voulu répondre à nos questions pour mieux comprendre ce qu’est la rouille du caféier.
Comment êtes-vous devenue la spécialiste de la rouille du caféier ?
Tout mon intérêt pour la rouille du caféier a grandi après avoir constaté, au fil de mes voyages dans les pays producteurs en Amérique Centrale, son effet dévastateur dans les fermes caféières.
À la base, je suis professeure en mycologie, et je me suis spécialisée dans les champignons tropicaux. Et, parmi eux se trouve le champignon responsable de la rouille du caféier, cette maladie crainte par tous les caféiculteurs.
La rouille du caféier, qu’est-ce que c’est ?
La rouille du caféier est une maladie que sont susceptibles de rencontrer toutes les espèces Coffea. Il s’agit d’un champignon, le Hemileia Vastatrix. Ce champignon produit des spores, qui infectent les feuilles du caféier.
D’abord, l’infection se manifeste par la présence d’une poudre jaune clair, au-dessus des feuilles. Au fur et à mesure que l’infection progresse, une poudre orange apparaît cette fois sous la feuille, en dessous des points jaunes.
Après quelques temps, les premiers points d’infection deviennent marron, et à ce moment, on peut être sûr que toute la plante est infectée par la rouille.
Une fois que le champignon a pénétré la plante, il va s’étendre et produire de nouvelles spores. Avec le vent et la pluie, ces nouvelles spores vont aller se déposer sur d’autres feuilles, et continuer ainsi leur expansion et infecter de nouveaux arbres.
Pourquoi la menace de la rouille est-elle aussi pesante pour les caféiculteurs ?
Quand l’infection est sévère, les feuilles infectées meurent et un arbre peut ainsi perdre presque la totalité de ses feuilles. Même une infection légère peut endommager la plante.
Quand la feuille est infectée, la rouille empêche la photosynthèse, puisqu’elle recouvre la feuille. C’est grâce à la photosynthèse que la plante se nourrit. Alors, si la photosynthèse n’est plus possible, la plante ne se développe pas, et ne produit pas de fruits.
Comme on cultive les caféiers pour leurs fruits, et surtout pour les grains de cafés que les cerises contiennent, la rouille du caféier est un élément très inquiétant pour une ferme caféière. Si la rouille infecte les arbres, la productivité de la ferme est mise à mal.
Vos recherches portent sur l’infection récente des caféiers hawaïens. Comment la rouille est-elle apparue sur l’archipel ?
La rouille que l’on a retrouvée à Hawaï, d’abord sur l’île de Maui en 2020, partage une similitude génotypique avec celle que l’on a trouvé sur les caféiers d’Amérique Latine. Ce qu’on a trouvé est assez fou, en réalité.
Il se trouve que l’on a étudié les conditions météorologiques des mois précédant la découverte. Et, c’est impossible que le vent ait pu transporter la rouille de régions déjà infectées jusqu’à Hawaï.
Le champignon semble être apparu accidentellement à Hawaï. Il y a plusieurs hypothèses à cela. L’apparition de la rouille à Hawaï serait due aux êtres humains. Soit, parce qu’ils transportaient des plants déjà malades, ou comme ils transportaient des spores sur leurs vêtements, les ont déposés dans les plantations hawaïennes.
Je vous invite à lire notre article de 2022, Coffee leaf rust (Hemileia vastatrix) from the recent invasion into Hawaii shares a genotypic relationship with Latin-American populations, paru dans le Journal of Fungi.
Quelle part joue le changement climatique en cours dans le développement de la rouille ?
Ce dont on est sûrs, c’est que le développement de la rouille du caféier s’explique le plus généralement par un changement d’environnement. Le changement climatique en fait bien sûr parti.
Le champignon à l’origine de la rouille se plait beaucoup sous certaines conditions météorologiques, comme dans les régions humides et chaudes. Ainsi, l’augmentation des pluies et l’augmentation des températures dans les zones tropicales, où est cultivé le café, y est sûrement pour beaucoup.
Pour un caféiculteur, quel est l’impact de la rouille pour sa plantation ?
Je ne suis pas experte de ce domaine, mais j’ai vu et ai parlé avec de nombreux fermiers qui ont été dévastés par la perte de leur récolte de café, à cause de la rouille du caféier.
Une partie des crises migratoires aux États-Unis, dues aux mouvements de populations d’Amérique Centrale vers l’Amérique du Nord, est liée à la perte des revenus des caféiculteurs à cause de la rouille du caféier.
Pour en savoir plus au sujet des impacts sociaux et économiques de la rouille du caféier, je vous conseille la lecture d’un article en libre accès de Rhiney et al. qui date de 2021. Il s’appelle Epidemics and the future of coffee production.
Quel est le meilleur moyen à ce jour de gérer la rouille ?
Le meilleur moyen de traiter cette maladie, à ce jour, est l’utilisation de produits chimiques. Vous pouvez également déplacer votre plantation et planter les caféiers à des altitudes plus élevées, ou encore planter différentes variétés, notamment des variétés aujourd’hui résistantes à la rouille, plutôt que d’avoir des plantations denses avec une seule variété.
Il faut savoir que la rouille, à force, diminue assez rapidement la résistance d’une variété censée être résistante à celle-ci. En sachant la faible diversité génétique de l’espèce arabica, cette approche n’est pas très durable.
On voit même aujourd’hui des plants de robustas infectés par la rouille. Cela pose des questions assez essentielles à tous les chercheurs qui travaillent au développement de variétés hybrides et résistantes à la rouille du caféier.
Quel est l’objectif des recherches que vous menez actuellement ?
Nous voulons en savoir plus sur ce qui a causé l’épidémie de rouille à Hawaï. La rouille du caféier existe dans la plupart des pays producteurs de cafés. Cependant, elle est restée gérable jusqu’aux grandes épidémies des années 2010 en Amérique Centrale.
Ce que je cherche à savoir, c’est si ces épidémies sont le résultat d’une évolution, avec une nouvelle race de champignon, ou si quelque chose de plus complexe est en train de se passer.
Dans mon laboratoire, on cherche donc à comprendre comment se développe la rouille, et à comprendre l’aptitude de ce champignon à devancer les capacités de résistance des plantes sur lesquelles il se dépose.
On cherche aussi à comprendre comment la rouille se répand, et ce qui cause les épidémies qui peuvent frapper des régions entières. Pour cela, on étudie le génome de rouilles récoltées partout dans le monde. On espère que cela nous permettra de comprendre ce qui conduit aux épidémies, afin de développer des stratégies pour contenir l’apparition de la rouille et casser les cycles de son expansion.
